Dane wrażliwe dotyczące wynagrodzeń oraz danych osobowych pracowników i współpracowników zarówno z księgi głównej, pomocniczej jak również z wyciągów bankowych stanowiących strukturę Jednolitego Pliku Kontrolnego powinny być przekazywane zgodnie z polityką ochrony danych osobowych. Za nieprzestrzeganie zasad ochrony danych osobowych może grozić karą w wysokości nawet 4% całkowitego rocznego obrotu przedsiębiorstwa.